La proclamación de la Independencia Nacional se hizo en ausencia de Juan Pablo Duarte, el ideólogo y fundador de La Trinitaria.Aunque el gobierno haitiano implementó una serie de medidas consideradas avanzadas para la sociedad de la época, el mismo hecho de ser un régimen de ocupación abrió enormes diferencias entre ambos pueblos que desembocaron en la declaración de la Independencia Nacional el 27 de febrero de 1844.

El 16 de julio de 1838 un joven llamado Juan Pablo Duarte fundó la sociedad secreta La Trinitaria, con el objeto de difundir las ideas independentistas y liberales que había cultivado durante sus años de estudios en Europa.

Los miembros fundadores de La Trinitaria, además de Duarte, fueron Juan Isidro Pérez, Félix María Ruiz, Felipe Alfau, José María Serra, Juan Nepomuceno Ravelo, Jacinto de la Concha, Pedro Alejandrino Pina y Benito González.

Según el historiador Emilio Rodríguez Demorizi, la organización actuaba en la clandestinidad y se estructuraba en células de tres personas llamadas iniciados, respondiendo a un seudónimo.

Desarrollaron una enorme labor educativa en torno a los ideales nacionalistas e independentistas, para lo cual crearon las sociedades culturales La Filantrópica y La Dramática, a través de las cuales ponían en escena obras teatrales en las que se representaba la lucha contra la opresión de otros pueblos.

Oposición en Haití

A la vez que el sentimiento nacionalista crecía en la parte Este de la isla y los trinitarios consolidaban su influencia, en Haití la oposición a Jean Pierre Boyer se estructuró en torno a la “Sociedad de los Derechos del Hombre y del Ciudadano”, conocida como el movimiento de “La Reforma”. 

Los trinitarios enviaron a Haití, primero a Juan Nepomuceno Ravelo y luego a Matías Ramón Mella para negociar con Charles Hérard el apoyo a los opositores, llegando a colaborar en el aspecto político y en la lucha armada para derrocar a Boyer.

Concomitantemente con ello, Juan Pablo Duarte organizaba, en la parte Este, las juntas populares o municipales que debían conformar las nuevas autoridades, ya que Hérard se había comprometido a convocar una Asamblea Constituyente y a celebrar elecciones en toda la isla.

También tomaron nuevo activismo los grupos pro españoles, con los sacerdotes Gaspar Hernández y Pedro Pamiés al frente; los pro franceses, con Manuel Joaquín Delmonte y Buenaventura Báez, y en menor medida, un minúsculo grupo pro inglés que operaba en Azua.

El triunfo logrado por los trinitarios en todas las demarcaciones del lado dominicano, en las elecciones de junio de 1843, hizo que Charles Hérard decretara su persecución, ordenando el arresto de Mella, José Joaquín Puello, Juan Nepomuceno Ravelo, Pepillo Salcedo y Esteban Roca, quienes fueron encarcelados en Puerto Príncipe. 

Mientras que, ante el asedio, Juan Pablo Duarte tuvo que escapar y exiliarse en Venezuela.

La Independencia

Bajo el liderazgo de Francisco del Rosario Sánchez, los trinitarios se reorganizaron y avanzaron en los preparativos de la declaración de independencia, aprovechando la fuerte oposición que había surgido en Haití por parte de la oligarquía pro Boyer.

La independencia fue proclamada el 27 de febrero de 1844, e inmediatamente después pasaron a la Puerta del Conde, donde Francisco del Rosario Sánchez izó la bandera nacional y se leyó y juró el Acta Constitutiva del Estado Dominicano. Al día siguiente, 28 de febrero, los haitianos capitularon, dando paso a la conformación de la primera junta gubernativa, presidida por Francisco del Rosario Sánchez.

Los trinitarios buscaban un Estado democrático
El 16 de enero de 1844 los trinitarios hicieron público el manifiesto la “Manifestación de los pueblos del Este de la Isla antes Española o de Santo Domingo, sobre las causas de su separación de la República Haitiana”, el cual fue considerado éste como el acta de independencia. 

El nuevo Estado tendría por objeto un gobierno democrático, abolición de la esclavitud, igualdad ciudadana sin distinción de origen y nacimiento, libertad de imprenta, promoción de la enseñanza, amnistía política, conservación  de los grados militares obtenidos en el ejército haitiano, protección de la agricultura, la ciencia y el comercio, la emisión de una moneda con garantía real y el establecimiento del catolicismo como religión.